・蓬莱の薬を服用し、ずっと生き続けている人間(東方永夜抄キャラ設定.txtの藤原妹紅の項目より)
・蓬莱の薬を使うと人間と同じ穢れが生じてしまう(小説版東方儚月抄より)
の二点から、仮に「穢れ無き珠」と「穢れ多き霊」が二人をそれぞれ指していると仮定するならば、むしろ「穢れ多き霊」の方が妹紅を指しているようにも思えます。
しかし、秘封ナイトメアダイアリーの共同スペカの名づけの法則に基づいてここから「穢れ無き珠」の方が消去法的に純狐とすることはできるのですが、より積極的に「穢れの無い側が純狐で穢れ多き側が妹紅」とする根拠をあまり考えられないのでこの部分に関しては他の方の意見もお聞きしたいところです。
(強いて言えばノーミス時純狐戦突入時の「そして見よ！ 生死を拒絶した純粋なる霊力を！」に純粋と穢れの無いことを結び付ける種が見えはする気もします)
なお、この説におけるそもそもの仮定を取っ払うならば「穢れ無き珠」と「穢れ多き霊」が別に一対一で対応している必要はなく、もう一つの仮定として「穢れ無き珠」が月を指しているとも考えられます。この場合「穢れ多き霊」とは月との対立概念であり、マスの視点では月に仇なす全てや地上、ミクロな視点では純狐及び妹紅ということになります。いずれの説も一つ仮定を置かなければならないという点で確度としては同値と個人的には考えるので両論併記の形で回答させていただきます。