①なぜいきなり決闘ルールで戦えるのか
『儚月抄』では依姫にスペルカードルールの説明をしている描写があるので、説明無しで誰でも乗れるわけがないというのは正しいと思います。ただ、ゲームで毎ステージこれを説明していたらテンポが壊滅するので省略している（実際には必要に応じて説明していたとしてもプレイヤーには公開されない）というのがわたしの解釈です。
参考として、かつてファンへの回答メール（2004年3月2日）にて、作中での会話について「もし不明な言語とか、古風な言語を使用していたとしても、明確な意図が無い限り基本的に作中では日本語で表記します。これはご了承ください」という発言がありました。これは作中の描写が必ずしもリアルではない（創作的都合によって変調されうる）という可能性の論拠になるはずです。
地獄などの異界系のボスについても上の理屈で説明はできますが、スペルカードルールの存在が噂として伝わっている可能性はあると思います。求聞史紀の霊夢の項によれば「弾幕の美しさと多様さが女性や妖怪に大ウケ」したとのことなので、ただの決闘法としてではなく、流行りの文化として興味を持たれるポテンシャルが十分にあると考えられます。
また、スポーツのように体系化されたスペルカードルールの歴史は浅いですが、エネルギー等を弾にして発射するという技能そのものは昔から存在していた可能性が否定できない（旧作を判断材料にする場合はほぼ確定事項）ので、布都のような復活系のボスがすぐに戦えることも説明不能ではないはずです。
②なぜ誰でも強力な弾幕で戦えるのか
魔力や霊力のある世界なので、体積などに関しては我々の常識は通用しないのでしょう。
元が貧弱な種族でも戦えるというのは、スペルカードルールの「当たったら負け」という性質に起因している部分もあるのではないでしょうか。大量の弾幕一発一発に破壊力を持たせる必要が無いので、見た目の派手さに比べてエネルギー消費は小さいはずです。
また、なんだかんだでボス級の敵は能力的に上澄みばかりということもあると思います。本当に貧弱で撃ち合いに向いてないキャラクターというのは１面の道中で自機狙いしか撃ってこないような妖精たちのはずです。実際弱いです。
③なぜ自機になると弱いのか
これはむしろ一発当たったらアウトな自機側視点が正しく、自機のショットを浴びせられ続けるボス側こそが正しくない（ゲーム的な）表現だと思います。小説版儚月抄6話に「痛くなくても当たればミス」という台詞もありますし、ＳＴＧ作品のボスもフィジカルでショットに耐えているわけではないはずです。
2002年12月13日の幻想掲示板に「設定ではスペルカードはボスが使うボムなので、ボスが緊急回避をしている事にしています」とあるように、ＳＴＧの自機とボスは本来対等な条件で戦っており、ボスの耐久が高いとか自機のショットが弱いといった設定ではないことが窺えます（ZUN氏自身も「設定では」と言っていることから、設定と表現に乖離があることを割り切っているはずです）。これに関してはわたしも「そういうゲームだから」で納得しています。