確実に空を飛べないであろう存在としては、里に住む無能力の一般村人がいます(これも悪魔の証明といえば悪魔の証明ですが、例えば空が飛べたら博麗神社のアクセスがあそこまでボロクソには言われないだろうなどの根拠があるので飛べないとしてしまっていいでしょう)。
逆に、種族が人間でありかつ空を飛べる存在は今のところ人里の外に住んでます(旧作に関しては人里概念があったかどうか怪しいので除外します)。
ここで、幻想郷における人妖関係の原則の一つ、「里に住む人間が妖怪化することには厳しく対応がなされる」を踏まえると、「空を飛べること」が人と人を超えた存在を分かつ一つの基準なのではないかという仮説が成り立ちます。仙人のような超人伝説に飛行に関するものが散見されることから荒唐無稽な仮説ではないと思います。
この仮説に基づくならば、質問に挙げている4人のうち、とりあえず阿求と小鈴に関しては「能力があったとしても彼女らは里に住まう一般ピープルなので飛べないし人外化しようともしてない」になります。美宵はこれの延長で「里に住まう人間のフリをしてるので飛んで妖怪バレすることを忌避している」説はあると思います。
……この仮説には「じゃあ空を飛ぶ種族人間達はなんで人妖関係の中で許されてるんだ」という別の謎が生じるわけですが、これはまた別の議論になってしまうのでここでは割愛させて頂きます。