・周回ごとに石が貰えて自機が強化される
・強化次第ではコモン魔石枠の一部ないし全部を他の石にして出撃可能
このメタ仕様が作中世界観にも意味があると仮定すると、
異変が早期解決される世界線(メタ的には購入直後)だとメイン異変石にあたる石だけが加工されて、残りの石はメイン異変石に追従して変わる龍珠仕様の石セットを自機は持ってる(別の言い方だと紫がこっそり渡している)が、異変解決まで時間がかかると魅須丸の加工期間が増えることでちゃんと加工された石の割合が増えていく。
つまりコモン魔石は性能制限と引き換えにすぐに用意可能だった世界観的にも簡易版異変石?
(かなり幻覚度の高い解釈)